No início de 2006, o Fluminense voltou a disputar competições oficiais disputando a Série D do Campeonato Brasileiro da Série 6️⃣ C de 2007, sendo campeão, após derrotar a São Paulo pelo placar de 3 a 1.

Foi nessa competição que o 6️⃣ Flu fez diversos gols, sendo que duas vezes o Tricolor jogou nas quartas de final contra o São Caetano.

Em 2007, 6️⃣ a equipe voltou a disputar competições oficiais.

Após bater o Atlético Mineiro, que entrou na semifinal, o Fluminense se classificou para

a 6️⃣ Série D 2010, cujo principal objetivo era a classificação para a segunda fase do Campeonato Brasileiro e, após eliminar o 6️⃣ Tupi, na primeira partida, o time garantiu o acesso à terceira divisão e a vaga para a Série C do 6️⃣ Campeonato Brasileiro.